Einladung zur Teilnahme: Validierungsstudie zur Charakterisierung von Invertebraten-Gemeinschaften im Boden mittels DNA-Metabarcoding

Überblick und Zielsetzung der Studie

QuoData freut sich, eine Validierungsstudie zur Charakterisierung von Invertebraten-Gemeinschaften im Boden mittels DNA-Metabarcoding ankündigen zu können. 

Ziel dieser Studie ist die Validierung genetischer Methoden zur Charakterisierung von Invertebraten-Gemeinschaften im Boden, wobei der Schwerpunkt auf DNA-Extraktion und Metabarcoding-PCRs liegt. Zukünftig sollen diese Methoden zur Bewertung der Bodenqualität eingesetzt werden. Die validierten Methoden werden der ISO zur Ausarbeitung neuer ISO-Normen vorgelegt.

Anforderungen an teilnehmende Laboratorien

Laboratorien, die die notwendige technische Ausstattung zur Extraktion von DNA und für PCR-Methoden besitzen und Erfahrung mit diesen genetischen Methoden aufweisen können, sind eingeladen, an der Studie teilzunehmen. 

Details zur Studie

Die Validierungsstudie umfasst eine Testphase und eine Validierungsphase. In der Testphase werden die Teilnehmer zwei Proben – eine Bodeninvertebraten-Probe und eine DNA-Probe von Invertebraten – nach den vorgegebenen Protokollen bearbeiten und auf ihre DNA-Menge und -Qualität hin überprüfen.

In der Validierungsphase werden sechs Proben von Bodeninvertebraten gemäß Protokoll bearbeitet und die erhaltene DNA-Menge und -Qualität geprüft: 

• Aus drei Proben mit künstlichen Invertebraten-Gemeinschaften werden die DNAs extrahiert, gemäß Protokoll gemischt und PCR-Reaktionen durchgeführt.
• Drei weitere Proben, jeweils bestehend aus der DNA einer Gruppe von Invertebraten, werden ebenfalls gemäß Protokoll gemischt und für PCR-Reaktionen eingesetzt.

Hierbei werden die PCR-Reaktionen mit den bereitgestellten Primern sowie einer empfohlenen DNA-Polymerase durchgeführt.

Die Teilnehmer führen nur die genannten Schritte durch; die Erzeugung von DNA-Libraries und die Sequenzierung finden bei einem externen Unternehmen statt.

Zeitlicher Ablauf

Versand der Proben: 4. bis 8. November 2024

Frist für die Einreichung der Ergebnisse für die Testphasen-Proben: 8. Dezember 2024

Analyse der Validierungsphasen-Proben: 2. Januar bis 28. Februar 2025

Organisation und Unterstützung

Die Studie wird in Zusammenarbeit von der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung LOEWE-TBG, dem Fraunhofer IME, der QuoData GmbH und dem Institut Dr. Nowak GmbH & Co. KG durchgeführt. Sie ist Teil des Projekts "MetaInvert", das vom Bundesministerium für Wirtschaft und Klimaschutz gefördert wird.

Teilnahme

Die Teilnahme ist kostenlos. Sie können sich bis zum 30. Oktober 2024 hier anmelden: https://info.quodata.de/collaborative-study-soil-invertebrates

QuoData freut sich auf Ihre Teilnahme!